Kosztami uzyskania przychodów są odpisy z tytułu zużycia środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych (odpisy amortyzacyjne) dokonywane wyłącznie zgodnie z przepisami art. 16a-16m, z uwzględnieniem art. 16 (art. 15 ust. 6 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych).
Stosownie do art. 16h ust. 2a ww. ustawy podatnicy, z zastrzeżeniem art. 16l i 16ł, dokonują wyboru jednej z metod amortyzacji określonych w art. 16i-16k dla poszczególnych środków trwałych przed rozpoczęciem ich amortyzacji; wybraną metodę stosuje się do pełnego zamortyzowania danego środka trwałego.
Przepis art. 16i w ust. 1 ww. ustawy stanowi, że odpisów amortyzacyjnych od środków trwałych, z zastrzeżeniem art. 16j-16ł, dokonuje się przy zastosowaniu stawek amortyzacyjnych określonych w Wykazie stawek amortyzacyjnych i zasad, o których mowa w art. 16h ust. 1 pkt 1; zaś w ust. 5, że podatnicy mogą obniżać podane w wykazie stawek amortyzacyjnych stawki dla poszczególnych środków trwałych. Zmiany stawki dokonuje się począwszy od miesiąca, w którym środki te zostały wprowadzone do ewidencji albo od pierwszego miesiąca każdego następnego roku podatkowego.
Art. 16j ust. 1 pkt 4 ustawy stanowi, że podatnicy, z zastrzeżeniem art. 16l, mogą indywidualnie ustalić stawki amortyzacyjne dla używanych lub ulepszonych środków trwałych, po raz pierwszy wprowadzonych do ewidencji danego podatnika, z tym że okres amortyzacji nie może być krótszy niż - dla budynków (lokali) niemieszkalnych, dla których stawka amortyzacyjna z wykazu stawek amortyzacyjnych wynosi 2,5% - 40 lat pomniejszone o pełną liczbę lat, które upłynęły od dnia ich oddania po raz pierwszy do używania do dnia wprowadzenia do ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych prowadzonej przez podatnika, z tym że okres amortyzacji nie może być krótszy niż 10 lat.
Inwestycje w środku trwałym, nawet te dokonane po zakończeniu jego amortyzacji, gdy doprowadziły do zwiększenia wartości początkowej środka trwałego, dają jedynie uprawnienie do kontynuowania amortyzacji w tym zakresie. Nie może być zatem w tym wypadku mowy o nowej wartości początkowej, gdyż otwierałoby to drogę do nieuprawnionego powtórnego dokonywania odpisów amortyzacyjnych. Amortyzacja może być kontynuowana w tym wypadku jedynie w zakresie zwiększonej wartości początkowej środka trwałego. Amortyzacja, jeżeli dotyczy tego samego środka trwałego, wpisanego do ewidencji środków trwałych, a uprawnienie do jej kontynuowania wynika ze zdarzeń powodujących wzrost wartości początkowej, na skutek poczynionych nakładów "aktualizuje się" i podlega kontynuacji. Nie można zatem przyjąć że w tym przypadku doszło do "pełnego zamortyzowania danego środka trwałego". W konsekwencji, wobec jednoznacznego brzmienia art. 16h ust. 2 in fine ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, podatnik nie jest uprawniony do zmiany metody amortyzacji.
Minister Finansów w ww. sprawie uznał że skoro spółka wybrała indywidualną metodę amortyzacji, ta metoda musi być stosowana, aż do momentu zamortyzowania budynku. Metoda ta nie przewiduje możliwości podwyższenia lub obniżenia stawek amortyzacyjnych w trakcie trwania okresu amortyzacji. Zmiana stawki w takiej sytuacji spowodowałaby jednocześnie zmianę metody amortyzacji. Jeżeli budynek był już wcześniej w całości zamortyzowany, to dokonanie nowych inwestycji spowoduje konieczność dalszego naliczania odpisów amortyzacyjnych od wartości początkowej powiększonej o kwotę ulepszenia. Ta dodatkowa wartość będzie podstawą do dokonywania dalszych odpisów amortyzacyjnych.
Metoda liniowa jest metodą dokonywania odpisów amortyzacyjnych z zastosowaniem stawek amortyzacyjnych określonych w wykazie stawek amortyzacyjnych, które mogą być w okolicznościach wskazanych w przepisie podwyższane lub obniżane. Metoda indywidualna jest metodą dokonywania odpisów amortyzacyjnych z zastosowaniem stawek ustalonych indywidualnie w granicach określonych w przepisie art. 16j ww. ustawy, co w praktyce oznacza indywidualne wyliczenie stawki z uwzględnieniem wskazanych w przepisie minimalnych okresów amortyzacji. Dla stawek ustalonych indywidualnie ustawodawca nie przewidział możliwości ich obniżania lub podwyższania. Zasady obniżania i podwyższania stawek amortyzacyjnych zostały ustalone - art. 16 i ust. 5 ww. ustawy - wyłącznie dla stawek stosowanych w ramach metody liniowej, na co wskazuje ich usytuowanie w akcie prawnym (w ramach regulacji metody liniowej), przy braku jakichkolwiek odesłań, umożliwiających ich stosowanie (wprost lub odpowiednio) do stawek stosowanych w ramach innych metod amortyzacji. Ze względu na szczególny charakter tego przepisu, stosujący prawo są obowiązani do jego literalnego odczytania.
Nie jest dozwolone dokonywanie wykładni rozszerzającej bądź stosowanie analogii. Wyboru jednej z metod amortyzowania podatnicy dokonują dla poszczególnych środków trwałych przed rozpoczęciem ich amortyzowania. Konsekwencją wyboru metody jest wybór stawki właściwej dla tej metody lub możliwej do wybrania w ramach tej metody. Dokonanie wyboru metody amortyzacji przed rozpoczęciem dokonywania odpisów oznacza określenie zarówno terminu i okresu amortyzacji, jak też stawki amortyzacji. Wybraną metodę stosuje się do pełnego zamortyzowania danego środka trwałego.
Oznacza to, że wskazane wyżej elementy objęte wyborem, ściśle związane z wybraną przez podatnika metodą amortyzacji, nie mogą ulec zmianie, aż do pełnego zamortyzowania danego środka trwałego.
W ocenie Sądu w niniejszej sprawie "pełne zamortyzowanie danego środka trwałego" to takie, od którego nie można dokonywać odpisów amortyzacyjnych. Zatem w sytuacji gdy skarżąca ponosiła nakłady inwestycyjne ulepszając środek trwały, to dalej go amortyzuje. Oznacza to, że nie mamy do czynienia wówczas z "całkowicie zamortyzowanym budynkiem".
